按照2024中国足协杯赛制安排，南京城市队将从足协杯第三轮开始参赛，首战将在5月17日至5月19日之间进行，对手将会在深圳吉祥、内蒙古草上飞以及广西蓝航中产生。如果南京城市队取胜，下一轮将在6月21日至6月23日之间进行，主场迎战中超球队沧州雄狮。

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